用户的问题主要聚焦在两个关键点：一是员工的投资金额是否可以在面临非法吸收公众存款罪的指控时作为抵扣赔偿的依据；二是这方面的法律规定如何，是否有明确的法律条文支持。
作为一个资深的高级律师，我将从以下几个角度进行详细的法律分析：
1. 非法吸收公众存款罪的定义根据《中华人民共和国刑法》第一百七十六条规定：“非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款，扰乱金融秩序的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。”
2. 犯罪所得的追缴与退还依据《刑法》第六十四条规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。”
3. 投资金额的性质员工的投资金额如果是在公司正常运营期间投入，并且符合相关法律法规，那么这笔钱应视为公司的合法资产。但如果这些投资被用于非法活动，或者公司明知其行为违法仍继续吸收投资，则可能被视为犯罪所得的一部分。
4. 员工权益保护在非法吸收公众存款案中，受害者包括那些被欺骗或误导而投资的人。根据上述法律规定，受害者的合法财产应当及时返还。然而，这并不意味着员工的投资金额可以直接抵扣非吸案件的退赔金额，而是需要根据具体情况，如投资是否属于被骗、投资的具体用途等来判断。
5. 具体操作流程对于员工的投资款是否可以抵扣退赔，一般需要经过法院的审理和判决。首先，需要确定员工投资的合法性及投资款项的实际流向；其次，要评估投资款在非法活动中所占比例，以及其对公司非法收益的贡献度；最后，根据法律规定，由法院决定是否允许抵扣及抵扣的比例。
总结：员工的投资金额能否抵扣非法吸收公众存款的退赔，取决于该投资的性质、目的以及在犯罪过程中的作用。一般来说，员工的投资可能会被纳入犯罪所得的追缴范围，而不是直接用来抵扣退赔。具体的处理方式需根据法律规定和法院的裁决。
