用户的问题主要关注以下几个关键点：
1. 合法性作为公司员工，是否可以对公司涉嫌非法吸收公众存款的行为进行报案？
2. 影响如果员工报案，是否会对自己产生不利影响，例如留下案底？
3. 法律责任公司涉嫌非法活动，员工是否需要承担法律责任？
4. 证据与程序员工如何提供有效证据，并了解报案的具体程序？
5. 法律保护员工在报案过程中自身的权益能否得到保障？
根据中国法律，以下是五个方面的详细解答：
1. 合法性任何公民都有权对犯罪行为进行举报，无论其身份如何。根据《刑事诉讼法》第84条的规定，任何单位和个人发现有犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权利也有义务向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或举报。
2. 影响员工报案不会自动留下案底。案底通常指的是个人因犯罪行为被法院定罪后的记录。员工作为受害者或证人参与案件，不会因为报案而留下案底。但如果员工在明知公司违法的情况下仍参与其中，可能会影响其法律地位。
3. 法律责任如果员工仅是普通员工，且不知情或未参与公司的违法行为，则一般无需承担法律责任。但若员工知情并积极参与，可能会被视为共犯，需承担相应的刑事责任。这取决于具体的角色和行为。
4. 证据与程序员工可提供的证据可能包括工作邮件、会议记录、财务报表等，证明自己对于违法行为的无知或被迫参与。报案程序通常是直接到当地公安机关报案，也可以通过电话或网络平台报案。报案时应尽可能详细地陈述情况，并提供相关证据。
5. 法律保护员工在报案过程中，其人身安全和隐私权将受到法律保护。根据《刑事诉讼法》规定，举报人的个人信息应当保密，防止报复。如遭遇威胁或报复，可以请求公安部门给予保护。
总结：员工有权且应该对公司的违法行为进行报案，不会因此留下案底，除非其本人确实涉及犯罪。在报案过程中，员工应尽量提供有效证据，并确保自身权益不受侵犯。如有必要，可以寻求专业律师的帮助。
