用户关注焦点：深圳一家初创企业在签订商业合同时遇到条款争议，希望了解如何确保合同的合法性，避免未来纠纷，特别是在知识产权转让和保密协议方面。
1. 合同合法性审查依据《民法典》第四百六十四条，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。企业应确保合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，关注《民法典》第五百零二条，合法成立的合同自成立时生效。
2. 知识产权转让《民法典》第八百四十七条规定了知识产权转让的具体要求，强调转让必须明确、具体，且依法登记或交付，以完成转让程序。企业需明确列出转让的知识产权范围，遵循法定程序。
3. 保密协议根据《民法典》第五百零一条，当事人在订立合同过程中知悉的商业秘密，无论合同是否成立，不得泄露或者不正当地使用。企业应细化保密条款，包括保密期限、保密义务的解除条件等。
4. 争议解决机制《民法典》第二百三十三条规定，物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。合同中应明确选择适用的争议解决方式及管辖法院，以便高效处理纠纷。
5. 违约责任依据《民法典》第五百七十七条，明确违约责任是保护自身权益的关键。合同应详细规定违约情形及相应的赔偿责任，确保在违约发生时有据可依。
总结确保合同的合法性与严密性，企业需细致审查合同内容，尤其是知识产权转让和保密协议部分，明确双方权利义务，设定合理的争议解决机制，并详细规定违约责任，以《民法典》为基准，防范未来风险。
